水野家断絶後に幕府が福山藩領内において大々的な検知を行ったところ、福山藩の石高が15万石以上あることが判明します。

福山藩の石高は、本来10万石。初代藩主水野勝成が 1619（元和5）年に福山入りしてから、お家断絶する1698（元禄11）年までの間に、5万石以上の新田開発を行ったことになります。水野家の努力の結晶ではありますが、大名の勝手な所領拡大は御法度です。実際は多くの藩が新田開発を行っていたのですが、発覚した以上幕府も黙認できません。

結局増加分の所領は幕府に没収され、北端の甲奴・神石（現在の府中市と庄原市など）と、西端の小田（現在の岡山県笠岡市）が天領（幕府の直轄地）となりました。

1700（元禄13）年に藩主となった松平忠雅はわずか10年1代で桑名藩へ移封となり、1710（宝永7）年に阿部家が宇都宮から福山に入封します。

阿部氏は幼少期の家康が今川氏に人質に出される際、ともに今川へ付き従った一族。松平時代からの家臣であり、有能な文官でもありました。代々幕府の要職を務めてきたため、基本は江戸詰め。国元である福山にはなかなか帰ることができず、城代家老が藩政を仕切っていました。特に江戸時代末期・ペリーの浦賀来航時に幕府の老中首座を務めた阿部正弘は、わずか2カ月しか国元で過ごしていません。

幕末の動乱期になると福山藩は、譜代大名ゆえの苦労を背負わされました。

福山藩阿部家9代藩主正方（まさかた）は、幕府軍として第一次・第二次長州征伐に参戦。第一次長州征伐は長州藩の降伏により戦争にはなりませんでしたが、第二次長州征伐では松江藩・浜田藩・鳥取藩とともに、幕府側の津和野方面軍として大村益次郎率いる長州軍と戦っています。

長州藩奇兵隊などの活躍により津和野方面軍は総崩れとなり、福山藩も敗退。翌年には今津（現在の松永町）に進軍してきた長州藩から砲弾を打ち込まれるなど、城下でも小規模な戦闘が発生しました。

早々に恭順したため戦火は免れましたが、新政府軍に蝦夷・箱館への出兵を命じられています。

1871（明治4）年7月の廃藩置県により福山藩は消滅しますが、「元徳川の譜代大名」という事実が福山藩につきまといます。

福山県となった4カ月後には、県名が深津（ふかつ）県に改称。翌年には旧福山藩から倉敷周辺までを県域とし、県庁を笠岡（現在の岡山県笠岡市）に定めた、小田県に変更されます。深津県の県庁を福山に置こうとしたことに、明治政府が難色を示したせいと見られています。

そして1875（明治8）年には小田県が岡山県に丸ごと編入され、旧福山藩は岡山県の一部となります。備後が広島県に編入され現在の広島県が確定したのは、1876（明治9）年4月のことでした。

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