縄文時代には秋田県域でも土器がつくられました。土器は製作年代や地域によって形状に差異があり、県北の米代川（よねしろがわ）水系には円筒土器が多く、県南の雄物川（おものがわ）水系では大木式（だいぎしき）土器が多くなっています。この頃の秋田県域は、異なる文化圏が交わる場所だったようです。

なお、県内の縄文遺跡のうち、大湯環状列石（おおゆかんじょうれっせき）（鹿角（かづの）市）と伊勢堂岱（いせどうたい）遺跡（北秋田市）は「北海道・北東北の縄文遺跡群」の一部として、ユネスコの世界遺産に登録されました。

やがて3000年前頃になると、西日本から日本海沿岸を伝って稲作と弥生文化が県域にも伝播してきます。

秋田県域では弥生遺跡の発見例は限られていましたが、1996（平成8）年に星宮（ほしのみや）遺跡（大仙市）から水田跡が発見されたことにより、県域でも稲作が行われていた可能性が高くなりました（星宮遺跡の水田跡は平安時代のものという説もあります）。

7世紀以降、畿内（きない）を中心に中央集権的な律令国家が成立すると、秋田県域には出羽（でわ）国が設置されました。この頃、国家に服属しない人々は「蝦夷」と呼ばれ、次第に中央府は蝦夷の領域へと侵攻していくようになります。

秋田県域には朝廷勢力によって柵が築かれ、蝦夷侵攻の前線拠点となります。ですが、これに対して蝦夷は抵抗し、各地で反乱を起こします。878（元慶2）年には元慶（がんぎょう）の乱、939（天慶2）年には天慶（てんぎょう）の乱が起き、秋田城が襲われるのでした。

平安時代後期には横手市付近を本拠とする清原氏が台頭し、陸奥北部を支配していた安倍氏を攻め滅ぼします（前九年合戦）。

清原氏は鎮守府（ちんじゅふ）将軍に任じられ、広大な支配領域を有しましたが、家督相続を巡る内紛（後三年合戦）が勃発。周辺を巻き込む激しい闘争の結果、清原氏は滅亡し、かわって奥州藤原氏が出羽国を支配するようになります。

奥州藤原氏は平泉（岩手県西磐井（にしいわい）郡）を拠点に栄華を極めましたが、鎌倉（神奈川県鎌倉市）に武家政権を樹立した源頼朝と対立してしまいます。その結果、源頼朝は奥州藤原氏を攻め滅ぼし（奥州合戦）、藤原氏の旧領には関東の御家人が入部してきます。

大規模な権力闘争に巻き込まれながら、秋田県域は古代から中世へと移行していくのでした。

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